Tres gestiones se repartieron en este período. La primera fue conocida como el Onganiato, presidida por el general Juan Carlos Onganía, cabeza del golpe y representante de la vieja facción azul del Ejército. Onganía gobernó desde junio de 1966 a junio de 1970, cuando tuvo que entregar el poder debilitado por el Cordobazo y la marcha de la economía.
Luego del golpe, recién asumido como presidente, comunicaba a la población:
"Argentinos, he asumido el cargo de Presidente de la Nación que las Fuerzas Armadas han coincidido en conferirme, con brevedad de la circunstancia nacional que nos impone obligaciones inexcusables. Acepto ésta responsabilidad excepcional persuadido de que es menester producir en la República un cambio fundamental, una verdadera revolución que devuelva a nuestros argentinos su fe, su confianza y su orgullo".
Onganía nombró como su ministro de economía a Adalbert Krieger Vasena, quien revocó las medidas de nacionalización y control de capitales del gobierno de Illia, y contuvo la inflación congelando los salarios y devaluando un 40% la moneda nacional. Se alejó, sin embargo, de la ortodoxia liberal afrontando obras públicas, con lo que mantuvo el ritmo de la actividad industrial. La participación de los salarios en la renta nacional estuvo cercana al 43% durante el período 1967-1969. Las exportaciones se mantuvieron altas, pero el sector agrario fue perjudicado por la devaluación y por el aumento de los porcentajes de retención a las exportaciones, así como por la supresión de las medidas de protección. En lo laboral se sancionó una ley de arbitraje obligatorio, que condicionó la posibilidad de hacer huelga.3
Durante su gobierno desarrolló la teoría de la necesidad de atender primero el 'tiempo económico' sobre el 'tiempo social' y el 'tiempo político'. Onganía intentó mantener la participación de los distintos sectores del país en su gobierno mediante la formación de comités consultivos en áreas específicas de la política agraria, industrial y económica. Esta medida recibió fuertes críticas de los sectores más conservadores del ejército; sumado al disenso entre los generales, el asesinato del teniente general Pedro Eugenio Aramburu en 1970 terminó con los días de Onganía frente al Poder Ejecutivo
Su gobierno se caracterizó por un inicial período de estabilidad y crecimiento económico del 5% acompañado por una baja inflación, que fue alcanzado gracias al plan económico impulsado por Adalbert Krieger Vasena. Este plan se valía de una gran cantidad de medidas económicas tendientes a liberar los mercados y facilitar el camino para la llegada de importantes inversiones extranjeras. Sin embargo, fueron suprimidos los derechos gremiales y reprimidas las huelgas y actividades obreras. Del mismo modo el gobierno de Onganía fue caracterizado por una marcada intolerancia hacia las universidades argentinas, consideradas desde el gobierno como cunas de la subversión y el comunismo, llegándose a censurar las actividades de los centros de estudiantes. Una de las acciones más famosas de su presidencia se conoció como la Noche de los bastones largos, ocurrida el 29 de julio de 1966, operativo en el cual fuerzas policiales irrumpieron en las universidades desalojando tanto a profesores como alumnos; lo que provocó que numerosos docentes, intelectuales e investigadores de las universidades nacionales se exiliaran del país.
En junio de 1970 el presidente militar Onganía fue reemplazado por la Junta de Comandantes en Jefe de las tres fuerzas armadas, designando en su lugar al general Roberto Marcelo Levingston, un desconocido militar de inteligencia que por entonces desempeñaba ignotas funciones en los Estados Unidos, y quién gobernó hasta marzo de 1971.
